La mayor parte de los historiadores de la arquitectura y de los comentaristas de temas madrileños coinciden en afirmar que, a la bella imagen externa del edificio, se corresponde una acertada e interesante distribución interna, gravitando toda la articulación de la antigua Aduana en torno a los tres patios y a la magna escalera principal, articulación que Sabatini habría podido asimilar de las obras arquitectónicas de Vanvitelli y que, vinculada todavía a una concepción espacial propia del último barroco, permanecería siempre presente en sus planteamientos, jugando sabiamente con patios y escaleras.

Así lo hizo en la Casa Aduana y así intentaría hacerlo más tarde en el inconcluso Hospital General de Madrid y en la proyectada, pero nunca realizada, ampliación hacia el norte de la capilla del Palacio Real Nuevo.

La puerta principal del edificio permite el acceso a un amplio vestíbulo dividido en tres naves por diversos pilares que configuran un espacio de carácter escenográfico, tanto por la compartimentación visual que producen como por actuar de ámbito de paso y elemento de penetración hacia el gran patio del fondo y el doble arranque de la escalera principal.

Tras los dos primeros tramos separados por un par de gruesos pilares pétreos y con tres ventanas ciegas a cada lado, unas modernas cristaleras dan paso al magno vestíbulo en el que seis pares de sólidos pilares de orden toscano, los dos primeros y los dos últimos de mayor grosor, sirven de soporte a varias bóvedas que cubren las tres naves del mismo, separadas entre sí por arcos fajones y formeros de granito.

La iluminación de este espacio se realiza merced a cuatro ventanas abiertas a cada lado, todas ellas abocinadas para no menoscabar la solidez de los gruesos muros y conteniendo dos vanos: el inferior, de forma rectangular, y el superior, de menores dimensiones y rematado con arco de medio punto rebajado. Todas las ventanas se abren a sendos patios laterales de planta cuadrada que, a su vez, tienen comunicación con la calle a través de las dos puertas situadas en los extremos de la fachada principal. Además, desde el vestíbulo es posible acceder a dichos patios -el derecho se encuentra muy modificado en su parte inferior por reformas modernas- mediante sendas puertas de idéntica estructura que las ventanas ya indicadas.

La nave central del vestíbulo se prolonga, una vez traspasado el arranque de la escalera, hasta el patio principal por medio de una galería cubierta con bóveda de medio cañón.